El meteorólogo Abraham Levy señala que este fenómeno ocurre porque el agua del mar, que tradicionalmente es fría en el otoño e invierno, se calienta y ello trae también un aumento de la temperatura general del aire. "Las corrientes de agua cálida que no están en la superficie del mar viajan por debajo del mar, desde Australia hasta el Perú. Es un proceso que se inició en enero y que dura tres meses; por lo tanto, llegan en los últimos días de marzo".
A partir de ese momento, las aguas cálidas entran a nuestras playas por el norte, extendiéndose a lo largo de todo el litoral peruano usualmente durante abril.
Si este fenómenos es intenso, calienta la atmósfera y cambia los patrones de circulación en todo el mundo, sobre todo el chorro sobre el Pacífico, que se intensifica y caen intensas tormentas sobre el oeste de Estados Unidos. También lloverá más en la costa oeste de Sudamérica.
Por otro lado, la atmósfera busca el equilibrio. Es decir, si llueve más en Norte y Sudamérica, en el sur de Asia y Australia, quedarán secos y con sequías. Además, si El Niño es intenso daña la temporada de ciclones. Entre más caliente esté el Pacífico, más huracanes habrían. Por lo cual, habría menos en el océano Atlántico.
Otra consecuencia sería la presencia inusual de tifones en el Pacífico occidental.